21 февраля 2008 г. Президент Украины Виктор Ющенко встретился с Патриархом Московским и всея Руси Алексием ІІ. После начала встречи заместитель главы Секретариата Президента Юрий Богуцкий сообщил журналистам, что  глава Украинского государства попросит предоставить украинской стороне документы, свидетельствующие об отношении Московского Патриархата к анафеме на гетмана Мазепу.

По словам Юрия Богуцкого, де-факто анафема с Мазепы снята, поскольку начиная с 1918 года во время служений имя Мазепы не вспоминается среди фамилий лиц, преданных анафеме. В то же время, официальных свидетельств об этом факте теперь нет.

Во время последнего визита Виктора Ющенко в Москву была достигнута договоренность с президентом РФ Владимиром Путиным относительно совместных мероприятий, посвященных 300-летию Полтавской битвы (1709 г.).

Анафема, провозглашенная по приказу царя Петра І, была отменена Московским Патриархом. Об этом 26 октября 2007 г. в прямом эфире программы «СВОБОДА с Савком Шустером» на телеканале «Интер» сообщил ректор Киевской православной богословской академии архиепископ Переяслав-Хмельницкий Димитрий. В доказательство своих слов он показал книгу воспоминаний «Митрополит Антоний [Храповицкий] и его время. 1863-1936 (книга вторя)» авторства архиепископа Никона (Рклицкого), изданную по благословению епископа Нижегородского и Арзамасского Московского Патриархата Георгия в 2004 г.

В книге на странице 632 содержится рассказ о том, что к владыке Антонию, как тогдашнему митрополиту Киевскому, в 1918 г. обратились «самостийники» с просьбой в день Полтавской битвы (27 июля) отслужить панихиду по гетману Ивану Степановичу Мазепе. Митрополит Антоний всегда неприязненно отзывался о личности царя Петра І и о его реформах в церковной сфере, а к гетману Мазепе относился с симпатией, как к меценату Церкви. Поэтому митрополит послал Патриарху Тихону телеграмму с просьбой об отмене анафемы. На нее он получил от Предстоятеля РПЦ ответ, что на основании решений Поместного Собора, который осудил практику наложения церковных наказаний за политические провинности, анафема на гетмана Ивана Мазепу отменяется.

27 июля 1918 г. на Софийской площади в Киеве была отслужена панихида за упокой души гетмана Ивана Мазепы. По благословению митрополита Антония служение панихиды возглавил его викарий епископ Черкасский Назарий. Сам митрополит не захотел принимать участие в публичной панихиде, потому что не желал, чтобы этот акт был расценен как одобрение украинизации, к которой владыка Антоний относился крайне неблагосклонно.

Гетман был меценатом Церкви, в частности, на средства И. Мазепы была обновлена и обнесена каменной стеной Киево-Печерская лавра, поставлены двое врат с церквами над ними. За средства И. Мазепы был обновлен Софиевский собор и построена колокольня.